Fanø ligger lige midt i Nationalpark Vadehavet. Baunebjerg ligger på den nordlige ende af Fanø med lige langt til stranden mod øst og mod vest. Kolonien ligger på en lidt kuperet lyngklædt grund med højt til himlen. Strandene mod øst og mod vest er helt forskellige. Den brede sandstrand med store bølger mod vest lige ud til Vesterhavet og den lille roligere strand ved havnen mod øst ligger inde i Vadehavet. Begge strande er lige til at gå på opdagelse på.